Sa ikaapat na panggagalugad, narating ni Ruy Lopez de Villalobos ang Kapuluan ng Pilipinas at pinangalanan niya ang mga pulo mula kay Philip II na noon ay may katayuan bilang tagapagmana ng trono ng Kaharian ng Espanya, bagaman hindi pa pormal na naitatag ang Pilipinas bilang opisyal na Kolonya ng Espanya.

Naging pormal na Kolonya ng Espanya ang Pilipinas noong 1565 nang italaga ni Haring Philip II (nanungkulan bilang hari ng Espanya mula 1556 hanggang 1598 Noong 1571, pinili ni Legazpi ang Maynila upang maging kabisera ng kolonya.

Kasama ng humigit-kumulang sa 800 mga Cebuano, nabinyagan si Raha Humabon sa ngalan ng Kristiyanismo.

tungkol sa pagdating ng mga espanyol sa pilipinas-15tungkol sa pagdating ng mga espanyol sa pilipinas-55tungkol sa pagdating ng mga espanyol sa pilipinas-54

Kabilang dito ang pag-aalsang pinamunuan ni Diego Silang mula sa Ilocos ng Hilagang Luzon, kung kailan nagtatag si Silang ng isang pamahalaang nagsasarili na nakikipag-ugnayan sa mga Britaniko.

Pagkaraan ng pagbabalik ng kapangyarihan ng Espanya sa Pilipinas, nagsagawa si José Basco y Vargas, ang gobernador ng Pilipinas mula 1778 hanggang 1787, ng magkakasunod na mga reporma na naglalayong mapainam ang kaunlaran ng ekonomiya ng kolonya.

Natapos ang pamumuno ng Espanya sa Pilipinas bilang resulta ng nakisangkot ang Estados Unidos sa Cuba, isa pang pangunahing kolonya ng Espanya.

Nais ng Estados Unidos na masugpo ang panghihimagsik na naganap sa Cuba noong Pebrero 1895 dahil sa mga layunin ng Estados Unidos hinggil sa pagnenegosyo.

Bago matapos ang 1897, nagpatuloy ang paglalaban ng Espanya at ng Estados Unidos hinggil sa kung sino ang aangkin sa Cuba.

Samantala, naganap ang negosasyon sa pagitan ni Emilio Aguinaldo at ng mga opisyal ng Estados Unidos habang nasa Hong Kong at pagdaka sa Singapore.

Naganap ito noong panandaliang mabihag ng mga Britaniko ang Maynila habang nagaganap ang Digmaan ng Pitong mga Taon (1756-63), Bilang pagsuporta sa paglusob ng Britanya sa Pilipinas, naghimagsik laban sa mga Kastila ang mga mangangalakal na Intsik, isang pangkat na dumanas ng pang-uusig sa ilalim ng pamumuno ng mga Kastila.

Nagkaroon ng iba pang mga panghihimagsik laban sa Espanya.

Naging bahagi ng patakaran ng Espanya ukol sa Pilipinas ang tatlong mga layunin: ang makapaghanap ng mga mapagkukunan ng maikakalakal na mga pampalasa; ang mapaunlad ang pakikipag-ugnayan at ang katayuan ng Kristiyanismo sa Tsina at sa Hapon; at ang upang maging ganap ang pagiging mga Kristiyano ng sinaunang mga Pilipino.